(1) 好氧生物处理：制药废水多为高浓度有机废水，在好氧生物处理过程中需要稀释原液，能耗高，废水可生化性差，生化处理后的废水难以直接排放至标准。因此，单独使用好氧处理的不多，一般需要进行预处理。
(2) 深井曝气法：深井曝气是一种高速活性污泥系统，具有氧利用率高、占地面积小、处理效果好、投资少、运行成本低、无污泥膨胀、污泥产量低等优点。另外，设备保温效果好，处理不受气候条件影响，保证了北方地区冬季废水处理的效果。
(3) AB法：AB法属于超高负荷活性污泥法。AB法对BOD5、COD、SS、磷和氨氮的去除率普遍高于常规活性污泥法。其突出优点是A段负荷高，抗冲击负荷能力强，对pH值和有毒物质缓冲作用大，特别适用于高浓度、水质水量变化大的污水处理。
(4) 生物接触氧化法：该工艺综合了活性污泥法和生物膜法的优点，具有容积负荷大、污泥产量低、抗冲击能力强、工艺运行稳定、管理方便等优点。许多项目采用两阶段法，目的在于驯化不同阶段的优势菌种，充分发挥不同微生物种群之间的协同作用，提高生化效果和抗冲击能力。在工程上，通常采用厌氧消化和酸化作为预处理工艺，采用接触氧化法处理制药废水。随着技术的逐渐成熟，应用领域也越来越广泛。
(5) SBR法：SBR法具有抗冲击负荷能力强、污泥活性高、结构简单、无需回流、操作灵活、占地少、投资少、运行稳定、基质去除率高、脱氮除磷效果好等优点，适用于水量、水质波动较大的废水处理。近年来，该工艺日趋完善，在制药废水处理中也得到了广泛的应用。出水水质达到GB8978-1996一级标准。
